输入GSE号
分组名
上传本地的softgz文件
一般放空，不需要上传文件。当遇到网络问题，在线获取GEO数据失败时，可以上传需要的GSE号的softgz文件也可以得到结果
为了确保可以正常转换ID，可以点击进入GPL平台信息。确保有基因名的列或者GB_ACC的列
如果没有基因名的列转换则使用GB_ACC id 再将GB_ACC id 转化为基因名 目前只适用于人
用于两个及两个以上的基因表达矩阵合并然后去除批次效应。
例子数据可通过 链接：https://pan.baidu.com/s/1zgSaVUOF1hClrvItAneLVQ 提取码：mzhs 进行获取。
如何输入多个文件
鼠标按下左键进行多选
基因表达矩阵，可以为csv或者txt
分组文件可以为csv或者txt，和基因表达矩阵保持一致的格式 都为csv 或者txt
Group为分组列 GSE_id为批次信息列
所以在页面中输入
去除批次效应所用到的方法选择
标准化过的数据可使用前两个方法 。 count数据使用最后一种方法。
可选择DESeq2 or edgeR or limma 对基因表达矩阵进行差异分析
例子数据可通过 链接：链接：https://pan.baidu.com/s/1glKN2qTTVwR9RCv8QSUuEQ 提取码：42y3 进行获取。
上传样本分组信息文件
行为样本，分组的列名记得设置为group！！！
输入分组名称
绘制差异基因热图
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/1olSnYXObJUPC3-m51rRXDg 提取码：2p07
绘制一般热图
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/1IqBLGl6MtEQk3Qydpniqow 提取码：x09r
进行GO、KEGG、Reactome富集分析并可视化
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/16IniCXs_gw_QqretCfyDIQ 提取码：uejn
进行GO、KEGG、Reactome富集分析并可视化
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/16IniCXs_gw_QqretCfyDIQ 提取码：uejn
进行GO、KEGG、Reactome富集分析并可视化
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/16IniCXs_gw_QqretCfyDIQ 提取码：uejn
对富集分析结果绘制花瓣图
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/16IniCXs_gw_QqretCfyDIQ 提取码：uejn
获取msigdb GO KEGG reactome 数据库上的通路基因集
msigdb网站： GSEA | MSigDB | Human MSigDB Collections (gsea-msigdb.org) 网站包含了H和C1-C7的8个基因集集合(Collections)。 每个collection的描述、collection的子集的描述都在上述网站页面可以看到。
H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：
常用的：
H: hallmark gene sets （癌症）特征基因集合
C2: curated gene sets：（专家）校验基因集合，基于通路、文献等（KEGG）：
C5: GO gene sets：Gene Ontology 基因本体论，包括BP（生物学过程biological process，细胞原件cellular component和分子功能molecular function三部分）
获取msigdb GO KEGG reactome 数据库上的通路基因集
msigdb网站： GSEA | MSigDB | Human MSigDB Collections (gsea-msigdb.org) 网站包含了H和C1-C7的8个基因集集合(Collections)。 每个collection的描述、collection的子集的描述都在上述网站页面可以看到。
H和C1-C7八个系列（Collection），每个系列分别是：
常用的：
H: hallmark gene sets （癌症）特征基因集合
C2: curated gene sets：（专家）校验基因集合，基于通路、文献等（KEGG）：
C5: GO gene sets：Gene Ontology 基因本体论，包括BP（生物学过程biological process，细胞原件cellular component和分子功能molecular function三部分）
例子数据可从网盘连接获取：链接：https://pan.baidu.com/s/1sF9yZU2SAg3oTLM-QNkz-w 提取码：ha1w
上传通路基因集文件 第一列为通路名，第二列为该通路上的基因。
该文件可从获取通路基因集模块获取
all就是展示全部通路
部分展示则输入 通路名;通路 使用英文的分号 GOBP_IMMUNE_RESPONSE_INHIBITING_SIGNAL_TRANSDUCTION;GOBP_IMMUNE_RESPONSE_TO_TUMOR_CELL
绘制韦恩图
注意最多只能支持四个分组 即只能上传四个文件
例子数据可从网盘连接获取链接：https://pan.baidu.com/s/19YbN-UfAxmad95Yv0tl0gQ 提取码：mcg6
使用可以参考：
./use_guide/draw_flower_venn_plot_mod.md
基因表达矩阵
样本生存信息
分割点确定 可以使用median中位数 也可以使用 函数确定最佳截断点
基因表达矩阵
样本生存信息
分割点确定 可以使用median中位数 也可以使用 函数确定最佳截断点